EMDR teorisinin altyapısını oluşturan Adaptif Bilgi İşleme Modeli’ne göre beyin, fizyolojik temelli bir sistemle, her yeni deneyim aracılığı ile kendisine ulaşan bilgiyi işleyerek işlevsel hale getirmektedir. Bu işlemleme, duygu, düşünce, duyum, imge, ses, koku gibi bilgiler işlenip ilişkili anı ağlarına bağlanarak bütünleşmektedir. Böylece yaşanan deneyimle ilgili öğrenme gerçekleşmektedir. Edindiğimiz bilgiler gelecekte tepkilerimizi uygun bir şekilde yönlendirmek üzere depolanmış olmaktadır. Bu sistem normal çalıştığında, ruh sağlığını ve insan gelişimini öğrenme yoluyla desteklediği için adaptif ve uyumlu bir mekanizma olarak kabul edilmektedir. Travmatik veya çok fazla rahatsız eden olaylar yaşandığında bu sistem bozuluyor gibi gözükmektedir. Bu noktada EMDR, işlevi bozan anıların işlenmesini sağlayan fizyolojik temelli bir yaklaşımdır. Beynin zamanında yapamadığı işlemi yapmasını sağlar. Kilitli kalmış anı ile diğer anı ağları arasında ilişki kurulması, öğrenmenin sağlanarak bilginin adaptif bir şekilde depolanması mümkün olmaktadır. Böylece danışan artık rahatsız olmaz ve anıyı yeni ve sağlıklı bir perspektiften görebilmektedir.

EMDR; travma sonrası stres bozukluğu (TSSB), anksiyete bozuklukları, obsesif kompulsif bozukluk, panik atak, fobiler, öfke kontrol problemleri, cinsel ve/veya fiziksel taciz travmaları, kompleks travmalar, kayıp ve yas, migren, fibromiyalji, psikosomatik ağrılar, yeme bozuklukları gibi birçok alanda kullanılan bir yaklaşımdır.

EMDR’da 8 aşamalı, üç yönlü (geçmiş, şimdi, gelecek) bir protokol uygulanır. Hedef, geçmişte yaşanan anıların yeniden işlenerek duyarsızlaşmanın sağlanması, bugünkü semptomların iyileştirilmesi, danışanın gelecekte karşılaşacağı benzer sorunlar karşısında, kazandığı olumlu inanç ve duyguların geliştirdiği yeni bakış açısının yönlendirdiği davranışları gösterebilmesidir.